Tras la derrota de las oleadas almorávide y almohade, los benimerines se instalan en el 1275 para defenderla del avance reconquistador.
Alfonso X el Sabio, a pesar de sitiar la ciudad por mar y por tierra, fracasa en sus intentos de tomarla, teniendo que retirarse tras un año de asedio.
También fracasa Fernando IV.
En 1339 Alfonso XI derrota al rey de Algeciras, Abd-al-Malik, que imprudentemente sale de la ciudad a atacarle en campo abierto. A pesar de sus cuantiosas bajas la ciudad resiste tres años y veinte meses al ataque combinado de Castilla, Aragón, Génova, la Santa Sede, Francia e Inglaterra.
La batalla definitiva sucede en 1344 en Río Palmones, rindiéndose la ciudad tras ella.
En 1369 Muhammad V de Granada reconquista la ciudad, pero entendiendo que no puede quedarse en ella ante el avance de los cristianos hacia el corazón del reino nazarí, la quema en 1379 antes de abandonarla.
Quedó convertida en ruinas, hasta que en 1704 grupos de gibraltareños huidos de la invasión inglesa la ocupan.
A mediados del siglo XVIII se urbaniza la ciudad que, sigue, en esta última fase de su historia siendo lugar de paso hacia Africa. Por ella pasa la Guerra de la Independencia y ella es el puerto de la flota franquista.
Por citar algunos de los personajes más ilustres nacidos en esta ciudad:
- Pomponio Mela, historiador y geógrafo romano (siglo I)
- Almanzor, (938-1002).
- José Miguel Primo de Rivera, político.
- Paco de Lucía, guitarrista.
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